V roku 1878 vznikol klub St. Domingo FC, založený luďmi z Kostola sv. Dominga, kvôli tomu, aby mali nejaký dpolnkový šport mimo letných mesiacov, keď hrávali kriket. Klub začal hrávať v Stanley Parku bez šatní, prinášajúc si vlastné bránky na každý zápas. Keďže do klubu chceli vstúpiť aj ľudia mimo komunity, o rok neskôr sa klub premenoval na Everton.

Hráči angažovaní z iných teamov boli oprávnení počas zápasov nosiť dresy svojich domovských klubov, čo zapríčiňovalo veľké zmätky. Potreba rovnakých dresov viedla k zavedeniu nosenia rovnakých čiernych košieľ až pokiaľ si nenechali urobiť rovnaké dresy. Svoj prvý titul získali v roku 1890/91. V roku 1901/02 sa ich oficiálnou farbou stala čierna.

Získanie Dixieho Deana v roku 1925 stálo za prvou výraznou sériou úspechov Toffees. Jeho 60 gólov v 39 zápasoch v sezóne 1927/28, kedy získali aj titul, je stále rekordom ligy.

Nasledoval drobný ústup z pozícií, avšak po krátkej dobe sa vrátili na výslnie a v sezóne 1931/32 získali ďalší titul. Druhé víťazstvo v FA-cupe, ked porazili Manchester City 3–0 a ďalší titul v sezóne 1938/39 znamenali koniec ich prvej veľkej éry.

Angažovanie Howarda Kendalla za trénera v roku 1981 znamenalo začiatok najúspešnejšej éry v histórii Evertonu. Získané tituly v rokoch 1984/85 a 1986/87, ako aj víťazstvo v FA-cupe v roku 1984 hovoria za veľa. Táto éra je spätá zatiaľ aj s jediným titulom v európskych súťažiach, keď vo finále PVP dokázali v sezóne 1984/85 poraziť Rapid Viedeň.

História počas pôsobenia v Premier League

• 1993/94 – Angažovanie Mikea Walkera ako trénera, zvolenie Petra Johnsona za predsedu
• 1994/95 – Joy Role angažovaný za trénera, víťaztvo v FA-cupe
• 1997/98 – Howard Kendall angažovaný za trénera
• 1998/99 – Sir Phillip Carter odvolal predsedu Petra Johnsona a sám sa stal novým predsedom. Walter Smith sa stal novým trénerom.
• 2001/02 – David Moyes angažovaný za trénera
• 2004/05 – Bill Kenwright sa stal novým predsedom klubu, keď nahradil Sira Phillipa Cartera
• 2006/07 – Andy Johnson pri prestupe z Crystal Palace vytvoril nový klubový rekord, keď jeho prestup stál 8,6 milióna libier
• 2007/08 – Yakubu prekonal rekordný prestup Johnsona, keď Middlesbrough za neho zinkasovalo vyše 11 miliónov libier.

• História klubu
• Tréner klubu